1935年，国立中央大学医学院成立。
1937年，中日战争全面爆发，中央大学医学院内迁到四川成都华西坝办学。
1946年，抗日战争胜利后，中央大学医学院迁回南京。
1949年，中央大学医学院改名南京大学医学院。
1952年，南京大学医学院先后改名华东军区医学院、第三军医学院、第五军医大学。
1954年，撤销第五军医大学建制，部分参与合并解放军第六军医学校（后为南京铁道医学 院，又并入东南大学），大部分并入第四军医大学。
1941年，国民革命军第八路军晋西北军区卫生学校成立。
1942年，学校更名八路军晋绥军区卫生学校。
1946年，晋绥军区卫生学校又更名西北人民医药专门学校。
1948年11月，学校进驻西安，西北人民医药专门学校升格为西北军区人民医学院。
1951年，西北军区人民医学院更名中国人民解放军第一军医学院。
1952年10月，奉中央军委命令，第一军医学院升格中国人民解放军第四军医大学。
1954年，原第五军医大学由南京迁至西安，与原第四军医大学合并成立新的第四军医大学。
1959年，学校被确定为全国首批重点大学。
1981年11月，经国务院批准，学校成为全国首批博士和硕士学位授予单位。
1995年，进入军队重点建设院校行列。
1997年，成为国家首批“211工程”重点建设院校。
2017年，因中国军队改革，空军航空医学研究所并入后转隶空军并更名为中国人民解放军空军军医大学。
2017年9月，入选国家首批“双一流”世界一流学科建设高校名单。
