高阿那肱为库直，随从北齐神武帝征战，以功勋擢为武卫将军。高阿那肱善于骑马射箭，谄媚会事奉人，每宴游之后，极得世祖武成帝高湛尊爱。又迎奉和士开，两人特相亲狎，和士开常在皇帝面前为他说好话，因而更受亲待。
北齐后主即位，累迁并省尚书左仆射，封淮阴王，再除并省尚书令、领军大将军、并州刺史。
高阿那肱才能平平，没有读过文史，其见识远在和士开之下，但奸巧算计却不比和士开差。既得世祖爱宠，又令在东宫服侍后主，所以大受宠遇。和士开死后，后主认为他的识度足可与和士开比拟，于是致使其位至宰辅。武平四年（公元573年），令其录尚书事，又总掌外兵及内省机密。尚书郎中源师曾同高阿那肱商量：“龙出来了，当雩。”高阿那肱问：“龙在哪里出来了？什么样子，什么颜色？”源师答：“这是龙星出现了，应该雩祭，并非真龙跑出来了。”高阿那肱说：“汉儿还晓得什么星宿？”其见识短浅到了如此程度。又任右丞相，其余官职全都保留着。
周师进逼平阳，北齐后主高纬正在天池郊猎，晋州方面多次派遣使者驰报，从清晨到中午，驿马三至，高阿那肱说：“皇上正在游乐，为什么要如此火急地奏报？”傍晚，使者又来，报告说：“平阳城陷落了，贼军马上就要到这里了。”此时他才向皇帝奏禀。第二天清早，皇帝想率军进行抵御，淑妃再次请求要重新郊猎一次。当军队赶赴晋州时，皇帝命令高阿那肱带领前军先行行动，依然让其节度诸军。后主对高阿那肱说：“是打好呢？还是不打为好？”高阿那肱道：“不要打，退守高梁桥。”安吐根说：“几个小毛贼，一下子就可以抓过来扔到汾河里。”皇帝的主意还没有拿定。内侍们说：“他是天子，您也是天子，他也能够远道跑来，我为什么要守着护城河显示弱小？”皇帝道：“这话说得好。”于是慢慢向前推进。让身边的恩幸之人责备高阿那肱说：“你的富贵已足，现在是怜惜小命吗？”
穆提婆观战，见战阵的东边有很多士卒逃退，便跑上去说：“皇上快走！皇上快走！”皇帝携带着淑妃逃奔到了高梁关。开府奚长进谏说：“半进半退，战之常理，如今兵众齐整，未有伤败，陛下舍弃这些想往哪里去？御马一动，人情惊乱，请您赶快转回去进行安抚慰问。”武卫张常山从后面赶来，也说：“军队刚刚聚拢在一块，完全可以重振旗鼓，围城的兵马还没有动，至尊应该回去。陛下若是不信我的话，请派内参前往观察。”皇帝想按他们的话去行动。穆提婆捏着皇帝的肘说：“常山的话让人难以相信。”于是，皇帝向北逃跑。有位军士报告说高阿那肱派他去招引西军，现特地前来禀奏。后主让侍中斛律孝卿审查，斛律孝卿说：“这个人胡说。”返回到晋，高阿那肱的心腹告高阿那肱谋反，斛律孝卿又认为是假话，并将这个心腹杀了。皇帝狼狈不堪地回到了邺城，很多侍卫在途中逃散，只有高阿那肱和内官几十骑随从。又任高阿那肱为大丞相。
北齐后主翻越太行山后，高阿那肱带着数千人投奔济州关，并派人侦察。时常向北齐后主报告：“周师没有来，可以在青州集合军队，还没有必要投奔南方。”当周将军尉迟迥抵关时，高阿那肱就向他投降了。时人都认为高阿那肱向周武帝表诚，是为了将齐主生擒送给周武帝，所以就没有迅速地报告敌兵已到的情况，致使北齐后主落入周师之手。高阿那肱入长安后，得大将军，封为郡公，任隆州刺史。大象末年，在蜀中随从王谦起兵，被诛杀。
