日月神教就是曾经的明教，不是朝廷不镇压日月神教，而是张无忌在退位之后眼见明教在杨逍手中再次四分五裂，甚至被朝廷围剿得精英尽丧，被迫出山后，深感对不起明尊的张无忌选择了出手收拾残局，和朝廷达成了暗中的协议而已。再加上日月神教曾经的宗旨已经变化，对朝廷来说已经不再是威胁，自然不需要多费力去镇压。
朱元璋立国成功，虽然他极力想淡化自己的出身，但明教对他的登基助力极多，最终无奈在国号的选择上还是选择了“明”字，称为明朝，成为历史上倒数第二个大一统王朝。
中国几千年历史中，皇权一直是至高无上的，不管是本土的教派还是外来的和尚，从未有哪一个教派的势力能够凌驾于皇权之上。朱元璋不管是文治还是武功都是出类拔萃的，他的成功借助了明教的力量，但立国后，如何处理曾助阵上位的明教，这还是让他伤神不已。但不管怎么说，他都不可能容忍明教的权力因此而无限膨胀，更不可能容许一个有望成为国教的宗教出现干涉朝政的苗头。
朱元璋只是一名普通的洪水旗凤阳分坛坛主，在明教的地位极低，上面还有洪水旗旗主唐洋，还有四大法王，左右光明使者，还有教主。如果他登基之后明教一直存在，让他如何自处？即便是杨逍主动退位让贤，将教主之位让给朱元璋，但历史上从未有过此类的先例，朱元璋自然不想成为这样的历史第一人。
所以朱元璋在应天府（今天的南京）称帝后，第一件事就是派遣手下的大将汤和处理明教的问题。在和陈友谅的争战中，在朱元璋的故意纵容下，同室操戈，原本明教五行旗的精锐已经损失大半，汤和秘密调集人手，将明教各分坛全部排除，又利用已经被朱元璋控制的洪水旗旗主唐洋，将明教高层全部聚拢在光明顶，调集两万大军，一把火将光明顶焚为白地，杨逍重伤逃遁，不久愧疚而死，韦一笑死于乱箭之下，五行旗旗主也被鸩杀，明教精锐几乎损失殆尽。
朱元璋还不放心，担心张无忌这位前教主复出，利用自己的影响力重建明教，死灰复燃之下会对自己的统治产生不利影响，于是利用专门组建的锦衣卫侦辑天下，寻找张无忌踪影，最终在漠南的一处草原上发现了和赵敏一起隐居的张无忌，在数千明军精锐围剿之下，赵敏重伤，张无忌带着赵敏逃走。
张无忌将赵敏安置妥当之后重新复出，四处打探之下才发现自己卸任之后，明教的下场竟然如此凄惨。教内高层全部死亡，各地分坛被清除干净，就这朝廷还在大力搜捕漏网之鱼。张无忌深感自己对不起明尊，对不起历代教主的努力，他觉得自己应该为明教做点什么。
月圆之夜，紫禁城下，张无忌艺高人胆大，他白衣飘飘，毫无顾忌地仗剑杀入应天府皇宫。没有了赵敏陪伴，张无忌再无后顾之忧，将轻功发挥到极致，在皇宫内快速闪转挪移，直到了内宫大殿朱元璋的寝宫外，眼见侍卫密集，无法悄无声息地潜入，这才公然亮相。
经过了近十年的苦练，张无忌的武功增长快速，已经接近了张三丰的境界，达到了返璞归真的程度。只见张无忌出手之间毫无烟火气，在圆满级的乾坤大挪移之下，人数多寡已经不再重要，众侍卫的刀剑往往刚刚挥出，就不由自主地改变了方向，砍向身边的伙伴。
几百名侍卫拼尽全力仍然不能阻挡张无忌的脚步，即使结成人墙，舍弃武器拼命想要困住张无忌，但在张无忌的乾坤大挪移下，皆是被牵引得跌跌撞撞，倒成一堆。眼见张无忌已经离皇帝的寝宫越来越近，被惊醒的朱元璋走出来喝止了众侍卫。不顾身边近卫的极力反对，熟悉张无忌性格的朱元璋知道自己不可能有生命危险，他将张无忌请到了书房，进行了一番长谈。
不到一个时辰，张无忌失魂落魄地出了书房，口中喃喃地不停重复着一个词：“天下，天下……”原来朱元璋对张无忌的为人无比了解，他将自己为何要处理明教的苦衷毫无保留地向张无忌和盘托出，张无忌也清楚即便杀了朱元璋，明教众兄弟也无法死而复生，反而才稳定不久的天下就会再次乱起来，战火之下，无数生灵涂炭，他张无忌就成了千古罪人。为了天下苍生，痛苦之极的张无忌还是选择退走，放弃了找朱元璋清算。
万般无奈之下，张无忌也只能退而求其次，请朱元璋放过明教剩下的人，他将会出面将这些人重新聚拢起来，撤消明教的名字，改变明教曾经的宗旨，不再谋求天下，只做一个纯粹的武林帮派。朱元璋知道张无忌毫无野心，再加上此时的明教余孽数量不多，精锐尽失，一个普通的武林帮派是不可能对朝廷构成威胁的。一个毫无野心的张无忌也不可能将明教再次带到曾经的高度。考虑到这些，朱元璋毫不犹豫地同意了张无忌的请求，下令撤消了对明教的追杀令。
光明顶已经被焚为白地，再加上地处西域，朝廷的势力无法深入，再在光明顶重建明教，朝廷也不可能放心。于是张无忌将明教的明字拆开命名新建的帮派，称为日月神教，在平定州西北的猩猩滩选了一处易守难攻之地做为日月神教的总舵，因位于悬崖之上，崖壁漆黑，对外称为黑木崖。
既然明教已经不存在，原本明教的镇教神功乾坤大挪移张无忌自然也不会传下来。张无忌担任了五年日月神教的教主，教内事务基本稳定下来后，他才将教主之位传给了一位任姓长老，自己带着赵敏和卸任峨眉掌门的周芷若再次归隐江湖。
此时的日月神教已经蜕变成了一个纯粹的武林门派，没有任何的野心，和少林武当之类的门派没有任何区别，朝廷自然对他们比较放心，只是暗中监视，并没有派遣大军镇压他们。
只是眼见日月神教势力越大越庞大，朝廷担心江湖之中日月神教会一家独大，于是和朝廷合作的少林一番密谋，少林需要提高自己的地位，改变“拳出少林，剑归华山”的局面，双方一拍即合，定下了一个搅乱江湖，削弱各大帮派的计划。
朝廷将一本传自前朝太监，宫内太监必修的武功秘籍《葵花宝典》拿出来，广传消息，极力放大此秘籍的威力，以此秘籍为饵，引得新崛起的正派五岳剑派和日月神教大打出手，将他们的精力吸引到了内斗之中，如此以来不用大军出面，日月神教就再也没有威胁了。
