4月21日，界面新闻获悉，上海海关已连续查获多起违法出口口罩、防护服、检测试剂盒、护目镜等防疫物资案件，上海海关缉私部门分别予以立案调查。
3月31日，商务部、海关总署、国家药品监督管理局三部委联合发布《关于有序开展医疗物资出口的公告》，要求自4月1日起，出口新型冠状病毒检测试剂、医用口罩、医用防护服、呼吸机、红外体温计的企业向海关报关时，须提供书面或电子声明，承诺出口产品已取得我国医疗器械产品注册证书，符合进口国（地区）的质量标准要求。海关凭药品监督管理部门批准的医疗器械产品注册证书验放。
4月3日，政策施行的第三天，上海某生物技术有限公司以快件方式向海关申报出口用于大便隐血诊断试纸32千克。经布控查验发现，该批货物实为新型冠状病毒(2019-nCoV)lgM/lgG抗体检测试剂盒（胶体金法）2000个。
根据公告规定，当事人未经药品监督管理部门批准获得医疗器械产品注册证书，违反海关监管规定，影响海关监管秩序。上海海关缉私部门已于4月17日立案，目前正在进一步调查中。
疫情期间，还有部分企业试图以瞒报、谎报的方式出口防疫物资。
4月6日，重庆某进出口贸易有限公司向海关申报出口一批货物。然而经海关布控查验，该公司实际出口中夹带医疗物资在内的货物70种以上，其中口罩共计92530只，包括一次性医用口罩1350只，KN95过滤式防护口罩41180只，一次性防护口罩（非医用）50000只，涉嫌未向海关如实申报，影响海关监管秩序。
无独有偶，同日，福建某股份有限公司委托上海某国际货运有限公司向海关申报出口非医用防护口罩50万个。经布控查验，实际货物为医用防护口罩，该批货物系出口防疫物资。当事人采取纸条粘贴遮盖产品外包装上的“医用”字样方式，涉嫌伪报品名，影响海关监管秩序。
对以上两起案件，上海海关缉私部门已分别于4月9日和4月17日立案调查，目前正在进一步调查过程中。
此后，4月10日，海关总署发布第53号公告，进一步严格了防疫物资出口的检验。该公告要求海关部门对医用口罩、医用防护服、红外测温仪等11个类别下19个海关商品编号项下的医疗物资实施出口商品检验，即业界俗称的“法检”。在法检目录内的货物，在报关的时候必须提供商检局的通关单。
上海海关表示，今后将依法持续加大对货运渠道伪瞒报、夹藏夹带、少报多出等出口防疫物资违规违法行为的打击力度，加强对出口防疫物资的风险分析和精准布控。
